Il faut attendre le IXe siècle et l'émergence de l'Eglise pour que la ville s'épanouisse à nouveau. Suite à des déformations successives du langage Lugdunum devient Lyon. En 1079, un nouveau statut, celui de siège du Primat des Gaules, insuffle puissance et autorité à la ville. Elle s'enrichit de ponts et d'édifices religieux dont la très gothique cathédrale Saint-Jean et la carolingienne abbaye Saint-Martin d’Ainay.
La prospérité va grandissante pour la ville ecclésiastique. Le commerce reprend et conduit à l’essor de l’artisanat et à la diversification des activités professionnelles, notamment dans le secteur de l’alimentation et du textile. Un soulèvement des "Bourgeois" (marchands, banquiers, artisans) leur permet d'obtenir le droit de s'administrer eux-mêmes mais surtout confère à la ville sa devise officielle : "Avant, avant, Lion le Melhor »